كان المنتخب المصري ومدربه حسن شحاتة قد تعرضا لنقد بالغ قبل وأثناء البطولة. فشكك المتابعون الفنيون قبل بدء البطولة في قدرة المنتخب على الظهور بمظهر مشرف نظرا للأداء المتعثر في التصفيات، ولكن المنتخب حقق اللقب وهو ما عُدَّ مفاجأة. أرجع شحاتة سبب ذلك إلى أن تجمع الفريق لفترة طويلة يجعله أفضل فنيا من التجمعات القصيرة التي تقتصر على 48 ساعة فقط قبل مباريات الفريق في التصفيات على الرغم من أنه يواجه منتخبات ضعيفة أو متوسطة المستوى في التصفيات. كما كان اختيار شحاتة لهاني سعيد لشغل مركز الليبرو موضع انتقاد أيضا بداعي بطئه. ولكن ظهوره بمستوى متميز طوال البطولة دفع الناقد الرياضي بصحيفة الأهرام «محمد سيف الدين» للإشادة به، مؤكدا أنه لاعب مؤثر وأدى دورا هاما في مسيرة الفريق.

لم يكن قرار حسن شحاتة بضم محمد ناجي (جدو)، مهاجم الاتحاد السكندري، لقائمة الفريق المشاركة في بطولة كأس الأمم الأفريقية 2010 أمرا متوقعا ولا حتى للاعب لنفسه. وكان استبعاد لاعب الإسماعيلي محمد حمص، محرز هدف الفوز على إيطاليا بكأس القارات 2009، من القائمة أمرا مفاجئا أيضا. كما أثار خروج ميدو من القائمة النهائية ردود فعل غاضبة.

بدأ المنتخب المصري البطولة المقامة بأنغولا بداية قوية إذ فاز على نظيره النيجيري بنتيجة 3-1. ثم نجح المنتخب في تصدر مجموعته محققا العلامة الكاملة ليقابل المنتخب الكاميروني في دور ربع النهائي. انتهى الوقت الأصلي للمباراة بالتعادل الإيجابي 1-1 قبل أن يضيف المنتخب المصري هدفين عن طريق محمد ناجي (جدو) وأحمد حسن ليحقق فوزا صعبا. ثم حقق المنتخب المصري فوزا تاريخيا على نظيره الجزائري بنتيجة 4-0 قبل أن يفوز على منتخب غانا في المباراة النهائية بهدف نظيف أحرزه محمد ناجي (جدو) قبل نهاية المباراة بأربع دقائق فقط.

وبذلك حقق المنتخب المصري عدة أرقام قياسية. فقد عزز رقمه القياسي بإحرازه لقب البطولة الأفريقية للمرة السابعة في تاريخه، فيما أصبح حسن شحاتة أول مدرب يحرز البطولة ثلاث مرات متتالية، كما أصبح أحمد حسن وزميله حارس المرمى عصام الحضري أول لاعبين في أفريقيا يتوجان بالبطولة أربع مرات. وبات المنتخب المصري أول فريق يتوج باللقب الأفريقي ثلاث مرات على التوالي في تاريخ المسابقة. أما محمد ناجي (جدو)، مفاجأة شحاتة في البطولة، فقد حصل على لقب «اكتشاف البطولة» بالإضافة لتصدره جدول هدافي المسابقة برصيد خمسة أهداف، رغم أنه لم يشارك في التشكيل الأساسي للفراعنة في أي من مباريات البطولة.

ونتيجة لتتويجه الإفريقي، قفز المنتخب المصري إلى المركز العاشر في تصنيف الاتحاد الدولي لكرة القدم (فيفا) لشهر فبراير 2010، وهو أفضل ترتيب يحققه منتخب إفريقي في التاريخ بعدما احتل منتخب نيجيريا الذهبي المركز الخامس عام 1994. ثم تقدم المنتخب المصري للمركز التاسع في تصنيف شهر يوليو 2010.

ـأعلن سمير زاهر، رئيس الاتحاد المصري لكرة القدم، إنهاء عقد حسن شحاتة وجهازه الفني من تدريب المنتخب المصري بصورة ودية في 6 يونيو 2011 عقب تضاؤل آمال مصر تماما في التأهل إلى كأس الأمم الأفريقية 2012 بالتعادل مع منتخب جنوب إفريقيا سلبيا في ستاد الكلية الحربية بالقاهرة. وبذلك أسدل الستار على مسيرة شحاتة مع المنتخب المصري التي بدأت في أكتوبر 2004 وتخللها 96 مباراة، فاز المنتخب في 61 وتعادل في 17 وخسر في 18 وأحرز 190 هدفا واستقبل 81 هدفا واعتمد على 100 لاعب.

وحصل المعلم في فترة توليه الادارة الفنية للزمالك على جائزة الكاف كأفضل مدرب فى أفريقيا لعام 2008 ، وصنف كأفضل مدرب فى أفريقيا عام 2010 فى ترتيب الاتحاد الدولى لتاريخ وإحصاءات كرة القدم، وكذلك تم اختيار المعلم حسن شحاتة ضمن أفضل 5 مدربين فى تاريخ قارة أفريقيا . صنف كأفضل مدرب في أفريقيا عام 2010 في ترتيب الاتحاد الدولي لتاريخ وإحصاءات كرة القدم الاتحاد الدولي لتاريخ وإحصاءات كرة القدم

تم اختياره ضمن أفضل 5 مدربين في تاريخ القارة الأفريقية.

في يوم الثلاثاء الموافق 9/10/2012 تعاقد حسن شحاتة على تدريب العربي القطري خلفا للفرنسي بيار لوشانتر.

تميزت علاقة حسن شحاتة مع بعض مسؤولي الاتحاد المصري لكرة القدم بالتوتر خصوصا في المراحل الأولى من تدريبه المنتخب المصري. ففي خلال لقاء تلفزيوني في 2010 قال شحاتة «كان هناك تربص كبير بي وكانوا يرغبون في إقالتي، وأحد أعضاء المجلس أخبرني أنهم سيقومون بإقالتي في حال خسرت مصر أمام الكاميرون في ياوندي في آخر مبارياتنا في تصفيات كأس العالم 2006، رغم أننا كنا ودعنا التصفيات مبكرا». وقال إن الموقف تكرر قبيل بطولة كأس الأمم الأفريقية 2006، إذ إن أحد مسؤولي الاتحاد قد فاوض المدير الفني البرتغالي مانويل جوزيه. وكانت الاجتهادات الصحفية تشير حينها لتوتر العلاقة بين شحاتة ونائب رئيس الاتحاد أحمد شوبير. وهو ما استدعى شوبير لنفي ذلك حينها إذ صرح في 1 مارس 2006 قائلا «لا توجد خلافات مع شحاتة، وأطالب بتجديد التعاقد معه».

وبعد بطولة أفريقيا 2008، صرح شحاتة مجددا بأنه أبدى سابقا ندمه على تجديد عقده مع المنتخب لأن التشكيك في مستوى المنتخب والجهاز الفني يأتي من «داخل البيت» (يقصد من داخل الاتحاد) وليس من الخارج وهو ما يسبب له مرارة كبيرة رغم أن النجاح يعود للجميع دائمًا بمن فيهم هؤلاء المشككين. وهو ما أكده رئيس الاتحاد أحمد شوبير فيما بعد، إذ صرح في مارس 2009 «أنقذت شحاتة من الإقالة، ففي أحد اجتماعات مجلس الإدارة وجدت مناقشة لاتخاذ قرار بإقالته ولكنني كنت ضد هذا الاتجاه».

ندما أجرى حسن شحاتة تبديلا بخروج أحمد حسام (ميدو) ونزول عمرو زكي مكانه في إحدى مباريات بطولة كأس الأمم الأفريقية 2006، احتج ميدو على التبديل بصورة غير لائقة. وقد وقع الاتحاد المصري عقوبة الإيقاف لمدة 6 أشهر على اللاعب لما بدر منه.

توترت العلاقة بين الرجلين مجددا قبيل بطولة كأس الأمم الأفريقية 2010 عندما استبعد شحاتة ميدو من القائمة النهائية بعد استدعائه للقائمة الأولية المستعدة للبطولة. ولكن اعترض ميدو بشدة على طريقة استبعاده قائلا «علمت باستبعادي عن طريق المواقع الإلكترونية، ولا أعتقد أن هذا هو الأسلوب الأمثل ليتبعه الجهاز الفني للمنتخب»، مضيفا أنه شعر بالإهانة. وانتقد حسام حسن، مدرب ميدو، حسن شحاتة على طريقة استبعاد ميدو. ومن جانبه، قال الجهاز الفني لمنتخب مصر: «القرار جماعي من الجهاز الفني للمنتخب، ولا علاقة له بالتزام اللاعب من عدمه، بل لأسباب فنية».

تعرض حسن شحاتة المدير الفني لمنتخب مصر للانتقاد بسبب موقفه المؤيد للرئيس المصري السابق حسني مبارك أثناء ثورة 25 يناير. وقد ظهر شحاتة وبجانبه أحمد سليمان عقب الخطاب الثاني للرئيس المصري السابق حسني مبارك في ميدان مصطفى محمود مدافعاً عن الرئيس المصري السابق.

وقد رد حسن شحاتة على كل ما ظهر قائلاً إنه كان مؤيدا للثورة ولكن تأييده لمبارك كان لمجرد الوفاء لأنه رمز من رموز مصر ولا يصح ما سمع من الإهانات التي وجهت للرئيس السابق.